とうとう出ましたね。
wordpress4.6 更新失敗しましたいつもの如く。
予想はしていましたが、とりあえずこのようにすれば完了しましたので覚書。
sqlite-integrationを利用している方向けです。
いきなり更新は何度か失敗したので、ココはまず地道にバックアップ。
.htaccessは厳しくしておきます。アクセス中は、同時接続に問題があると困りますので
次に4.6-enで始めました。
4.6-jpも有ったのですが結局4.6-enから出ないとおかしかったので4.6-enで自動更新
数分後
データベースの更新と出ます。

しかし幾ら待っても帰ってきません。
状況を見るとデータベースのジャーナルファイルが頻繁に動作しており
データベースが肥大化します。
通常であればココでおかしくなるようです。
そのままで行くとデータベースが肥大化が止まらないので、一度ブラウザを止めてジャーナルファイルを停止させます。
次に、バックアップのデータベースをFTPにてアップロードして肥大化したデータベースに上書きします。
ジャーナルファイルを消します。
これで再度ブラウザによりアクセスすると、再度データベースの更新と出ますが、すぐに成功しましたと出て、次へと出ます。
問題なく、4.6-enの更新が終了、次に4-6-jpの更新を実行して終了します。
後は同じでした。
ちゃんちゃんでした。
というか、ちょっと編集が不安定ですんで保留！
xmlrpc.php からみですね
一時的にこれを入れたほうがいいかも
[R=301,L]で対応しても、4.6だとココが削除されます。
#xmlrpc無効化

Order allow,deny
deny from
Allow from all

多分、4.6の仕様かと思う。
# BEGIN WordPress
# END WordPress
は,WordPressが書き換えるので、次にビルダが必要なのかもしれません。
動作すると[R=301,L]が消えます。

WP Multibyte Patchは2.7をインスコして有効にする必要があります。